中药网络药理学常用网站及软件

TCMSP

简介:中药系统药理学数据库与分析平台是一种独特的中草药系统药理学平台,它能捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。该数据库包括化学物质、靶点和药物靶点网络,以及相关的药物靶点网络,以及涉及口服生物利用度、药物相似度、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。

使用方法:输入框输入药物名称,搜索,选择药物,进入界面。

处理意义:剔除无意义数据,增加结果可信度。

Uniprot

简介:UniProt  UniversalProtein 的英文缩写,是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。它由整合Swiss-Prot TrEMBL  PIR-PSD 三大数据库的数据而成。他的数据主要来自于基因组测序项目完成后,后续获得的蛋白质序列。它包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息。

使用方法:进入网站,Popular organisms下选Human,下载Excel格式,对Excel表进行一系列处理,得到Target nameUnipot ID对应表格,再将Unipot ID转换成Gene name

筛选:对Unipot ID列进行筛选,对N/A项进行查询

筛选后处理:查询无结果项进行删除

处理意义:剔除无意义数据,增加结果可信度。

韦恩图

简介:韦恩图又称文氏图,是一种简单的图形,也是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集的大致之间的关系,也可以进行集合运算。

使用方法:复制Gene name到list1,复制疾病disgent到list2,得到交集图,进行优化,截图尽量清晰。

无需进行筛选。

PPI STRING

简介:String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。

使用方法:点击Multiple proteins,复制交集靶点,提交出图。选择settings进行线条,置信度调节,analysis分析跳转到GO网站,exports导出pngtsv格式,tsvExcel打开。

筛选:原始数据中的AB列合为一列,复制到C列进行删除重复项。

筛选后处理:使用countif函数,排序,框选前十五个数据,制作柱状图,分析蛋白交联程度。

筛选意义:剔除重复数据,得到准确柱状图,便于对结果进行分析。

GO数据库

简介:为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。

使用方法:复制交集靶点到框中,例子选择Homo sapnies,进入界面后,在Amotation Data set下可选择分类,文件导出

无需进行筛选

 KEGG

简介:KEGG 是了解高级功能和生物系统(如细胞、 生物和生态系统),从分子水平信息,尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源,由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一,以"理解生物系统的高级功能和实用程序资源库"著称。

使用方法:复制粘贴交集靶点到搜索框中,exec执行,复制到文本文档再到world中,把-Homo sapiens替换成^t,把(human)替换成^p,新建Excel,命名KEGG,复制到此Excel

无需进行筛选

DAVID

简介:DAVID是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。

GO-DAVID

使用方法:进入网站,start Analysisstep1-4分别选择相应数据,background下选择Homo sapiensGene-Ontology下,分别点击BPCCMFchart,下载复制粘贴到Excel中,后续进行GO富集BPCCMF三合一柱状图制作。

筛选:筛选BPCCMF中的前十项进行复制整合

筛选后处理:复制数据带入微生信柱状图制作文本框中,进行制图

筛选意义:剔除无意义数据,增加结果可信度。

KEGG-DAVID

简介:KEGG 是了解高级功能和生物系统(如细胞、 生物和生态系统),从分子水平信息,尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源,由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一,以"理解生物系统的高级功能和实用程序资源库"著称。

使用方法:进入网站,start Analysisstep1-4分别选择相应数据,background下选择Homo sapienspathway下,点击KEGG-PATHWAY旁边的chart,下载复制粘贴到Excel中,后续进行气泡图制作。

筛选:筛选Excel中的前二十项进行复制整合

筛选后处理:复制数据带入微生信气泡图制作文本框中,进行制图

筛选意义:剔除无意义数据,增加结果可信度。

Cytoscape

简介:Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件,它支持多种网络描述格式,也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入,或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。

使用方法:导入处理好的Excel表,得到cytoscape图像,对其按需进行优化。

无需进行筛选

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